在温室大棚生产中，多年连茬种植及高密度栽培等原因，均造成土传病害病原菌的积累、生长和繁殖。这类病害如果不及时加以控制，会降低产品质量或造成严重减产，甚至造成绝收。而土壤消毒是控制土传病害的重要措施之一。土壤消毒一般在换茬的空当进行，总起来说，最常用的土壤消毒方法大致有以下几种：

　　利用太阳的能量烤棚是一种很好的土壤消毒方法。夏季高温季节，设施栽培换茬之际，将温室大棚密闭，在土壤表面撒上碎稻草(每667平方米用量700~1000千克) 和生石灰(每667平方米用量500千克)，深翻土壤30厘米，使稻草、石灰、土壤均匀混合，然后起大垄灌大水。

　　并保持水层， 盖严棚膜，密闭大棚15~20天。石灰遇水放热，促使稻草腐烂也放热， 再加上夏季天气炎热和大棚保温。 白天棚内地温可达55~60°C，25厘米深土层全天温度都在50°C左右，半月左右即可起到消毒土壤和除盐的作用。单独利用灌水闷棚或者生石灰闷棚也可以，但效果比这种方法差一些 。

　　每667平方米细致喷洒生物500~1 000克(注意！喷洒之后一周内不能喷洒杀菌剂)， 或土壤施用生物菌发酵的有机肥。通过以上方法施入土壤中的大量有益菌类，可抑制和杀灭土壤中的各种有害微生物，预防土传病害发生。

　　土壤耕翻后，每平方米土地用50毫升福尔马林，兑水10~12千克，或每平方米喷酒100倍的福尔马林液0.15千克，然后用塑料薄膜盖严。7~10天后揭膜，并翻土1~2次，使药液挥发，3~5天即可栽培作物。

　　每平方米用50%多菌灵可湿性粉剂2克，或50%甲基托布津可湿性粉剂8克、或40%五氯硝基苯8克，兑水2~3千克，掺细土5~6千克，播种时做下垫土和上盖土，可有效防治多种真菌性病害 。

　　将96%恶霉灵3000倍药液用喷雾器喷淋于土壊表层，或直接灌溉到土壤中，使药液渗入土壤深层，杀死土中病菌，防治苗期病害，效果显著。

　　用蒸汽锅炉加热，通过导管把蒸汽热能送到土壤中，使土壤温度升高，杀死病原菌，以达到防治土传病害的目的。 这种消毒方法要求设备比较复杂，只适合经济价值较高的作物，并在苗床上小面积施用。

　　此外，对于小面积的地块或苗床，也可以将配制好的培养土放在清洁的混凝土地面上、木板上或铁皮上，薄薄平摊，暴晒10~15 天，既可杀死大量病原菌和地下害虫，也有很好的消毒效果。

　　太阳能消毒法是最廉价也最环保的方法。此法是利用夏季（7-8月间）的高温，借助太阳能杀死病虫害。消毒时，先消除前茬病株残体并彻底清洁温室，再对土壤进行深翻（先施些有机肥），随后灌大水，然后用聚乙烯塑料薄膜全面覆盖温室土壤，再在太阳下密闭暴晒15-25天，使10厘米土壤内土温高达50-60℃以上，可有效预防枯萎病、青枯病、软腐病等上传病害，同时高温也能杀死线虫及其他虫卵。但该方法的缺陷是：消毒的有效土层仅为地表下10-15厘米，对根系较浅的作物防病效果较差。

　　此法是利用锅炉等设备把水加热至75℃以上，然后将热水浇灌到土壤中，使土温升高来进行消毒。消毒前应该多施些有机肥，后深翻土壤，并把土壤整平，接着在地面上铺设滴灌管，用质量较好的塑料薄膜封严地面，之后通入热水。给水量因土质、外界温度、栽培作物的种类不同而不同。一般地，消毒范围在地下0-20厘米时，1平方米土壤灌热水100千克；消毒范围在0-30厘米时，1平方米土壤灌热水200千克。此法对防治土传病害、线虫和杂草效果显著，效果达95以上。同时这种方法还有不受季节影响、可随时进行的好处。